Кыргыз-Түрк «Манас» университети Кыргыз Республикасы жана Түркия Республикасынын Өкмөттөрү тарабынан 1995-жылы, 30-сентябрда Измир шаарында кол коюлган «Кыргызстандын борбору Бишкек шаарында Кыргыз-Түрк «Манас» университетин ачуу боюнча эл аралык келишимдин» негизинде ачылып, 1997–1998-окуу жылынан тартып, студенттерге билим бере баштаган.
Университетке Кыргызстандын жарандары «Манас» университетинин Студент тандоо жана жайгаштыруу борбору тарабынан өткөрүлгөн сынак аркылуу тандалып алынса, Түркия жарандары Түркия Республикасынын Студент тандоо жана жайгаштыруу борбору тарабынан өткөрүлгөн «Студент тандоо сынагы» аркылуу кабыл алынат. Ал эми, түрк тилдүү башка мамлекеттердин жарандары Түркия Республикасынын Студент тандоо жана жайгаштыруу борбору тарабынан өткөрүлгөн «Түрк тилдүү мамлекеттердин тандоо сынагынын» негизинде Университеттин студенти болуу укугуна ээ болушат.
2014–2015-окуу жылында Университеттеги факультеттердин саны 9, жогорку мектептердин саны 4, кесиптик жогорку мектептердин саны 1 ге жетип, аларда билим алган студенттердин саны 4891ни түзсө, 2 институтта магистратура жана докторантура программалары боюнча билим алгандардын саны 243 ге жетти.
Кыргыз-Түрк «Манас» университети Түркиядагы Жогорку билим берүү комитетинин карамагындагы университеттер менен бирдей статустагы университет болуп саналып, билим берүү акысыз жүргүзүлөт. Окууда жогорку жетишкендиктерге ээ болгон студенттерге «артыкчылык» стипендиясы да берилет. Университет студенттерди окуу китептери, арзан баада жатакана жана түшкү, кечки тамак менен камсыз кылат. Университетте билим берүү түрк жана кыргыз тилинде жүргүзүлөт. Мындан тышкары англис жана орус тилдерин чет тили катары окутууга да өзгөчө басым жасалат.
«Манас» университетинде бакалавр программасы боюнча билим алган студенттер компьютердик инженерия, тамак-аш инженериясы, химиялык инженерия, менеджмент, экономика, финансы, эл аралык мамилелер, түркология, тарых, социология, философия, батыш тилдери (англис тили жана адабияты), чыгыш тилдери (кытай тили жана адабияты), биология, математика, графика, живопись, бакча жана талаа өсүмдүктөрү, өсүмдүктөрдү коргоо, зоотехния, котормочулук, тренерлерди даярдоо жана спорт тармагындагы башкаруучулук, дене тарбия мугалими, музыка, сахна искусствосу, радио жана теле берүү, кинематография, журналистика, коомчулук менен байланыш жана реклама, туризм жана мейманкана иштетүү, саякат жана гид кызматы, тамак-аш менеджменти, теология сыяктуу адистиктер боюнча диплом алышса, 2 жылдык кесиптик жогорку мектептерде билим алган студенттер кеңсе менеджменти, бухгалтердик эсеп-кысап, курулуш адиси сыяктуу тармактарында адистигин тастыктаган атайын кесиптик дипломго ээ болушат. Ал эми 5 жылдык программа менен билим берген ветеринария факультетин аяктаган бүтүрүүчүлөргө «Ветеринар» адистигин тастыктаган жогорку билими тууралуу диплом берилет.