С основания университета в1995 году и до 2013 года английский, немецкий, русский а также кыргызский языки изучались как иностранные языки. Согласно приказу Министерства Образования Кыргызской Республики в 2013-2014 уч. г. русский и кыргызский языки были введены как обязательные предметы, а также было увеличено количество часов, отводимых на данные предметы. В связи, с чем в начале учебного года было создано отделение Иностранных языков, в котором начали свою работу отделения кыргызского, русского, английского и немецкого языков.
В данном отделении преподаются:
Английский язык как обязательный для всех студентов.
Немецкий язык как обязательный и по выбору для некоторых факультетов.
Русский язык как обязательный для иностранных студентов.
Кыргызский как обязательный для граждан Кыргызстана.