Гуманитарный факультет является одним из старейших факультетов Кыргызско – Турецкого университета Манас, данный факультет дает образование в сфере гуманитарных наук. С 1998-1999 учебного года факультет назывался естественный гуманитарный факультет. На данном факультете было два отделения, отделение тюркологии и отделение истории. В 2008 году 25 апреля решением попечительского совета естественный гуманитарный факультет был разделен на два факультета, гуманитарный и естественный. Первым деканом гуманитарного факультета стал профессор, доктор исторических наук Тунжер Байкара. В 2001-2002 году был первый выпуск гуманитарного факультета, а именно на отделении тюркологии и истории. В 2001 году одним из первых на отделении тюркологии и истории были открыты программы магистратуры и докторантуры. С первых лет существования гуманитарного факультета на факультете работали ведущие специалисты из Турции, такие как Ахмет Бижан Эржиласун, Лейла Карахан, Тунжер Байкара.
На 2016-2017 учебный год гуманитарный факультет состоит из 8 отделений,11 программ. На некоторых отделениях гуманитарного факультета есть программы бакалавра, магистратуры и докторантуры, например, на отделениях истории, тюркологии и педагогики есть все три программы, бакалавр, магистратура и докторантура, на отделении философии и синхронного перевода – программа бакалавра и магистратуры, отделение восточных языков, западных языков и социологии на данный момент есть программа бакалавра. На 2016-2017 учебный год количество студентов получающих образование по программе бакалавра составляет 8800 студентов, из 8 зарубежных стран.