Лаборатория микробиологии оснащена приборами для анализа патогенных и санитарно-показательных микроорганизмов в пищевых продуктах, а также для получения микроорганизмов, необходимых для производства ферментированных продуктов. Лаборатория микробиологии включена в программу как обязательный предмет с 1-го курса. Студенты определяют микробиологические показатели в сырье и готовой продукции, выполняют различные научные проекты по микробиологическим исследованиям.