Üniversite 30 Eylül 1995'te İzmir'de imzalanan “Türkiye Cumhuriyeti ile Kırgızistan Cumhuriyeti hükümeti arasında Kırgızistan'ın başkenti Bişkek şehrinde Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi kurulmasına dair anlaşma”nın her iki ülke yetkili makamlarınca onaylanmasını müteakip 1997-1998 Eğitim-Öğretim Yılı'nda öğretime başlamıştır.
Üniversiteye 3 ana kaynaktan öğrenci kabul edilmektedir. Bu kaynaklar Kırgızistan, Türkiye ve Türk Cumhuriyetleri ile Akraba Topluluklar başta olmak üzere diğer ülkelerdir.
Kırgızistan'dan öğrenci kabulü Üniversitenin her yıl yapmakta olduğu Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Sınavı (Manas-ÖSYS) ve Kırgızistan Genel Devlet Sınavı (ORT) sonuçlarına göre yapılmaktadır. Türkiye'den öğrenci kabulü de T.C. Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Merkezi (ÖSYM) tarından gerçekleştirilen merkezi sınav sonuçlarına göre gerçekleştirilmektedir. Kırgızistan ve Türkiye dışından Türk Cumhuriyetleri ve Akraba Topluluklardan öğrenci kabulü ise Rektörlük tarafından kurulan Türk Cumhuriyetleri ve Akraba Topluluklardan Öğrenci Kabul Komisyonu koordinatörlüğünde mümkün olmaktadır.
2022-2023 Eğitim-Öğretim Yılı'nda 11 fakülte, 1 yüksekokul, 1 meslek yüksekokulu'nda hazırlık sınıfları dahil olmak üzere 5622, yüksek lisans ve doktora programlarında 430 öğrenci yükseköğrenim görmektedir.
Üniversite Türkiye ve Kırgızistan'daki devlet üniversiteleri ile aynı statüde özerk bir üniversitedir.
Akademik disiplin içinde öğrenci odaklılığı ilke olarak benimseyen Üniversitede eğitim-öğretim ücretsizdir. Öğrencilere koşulları karşılamaları durumunda çeşitli burslar da verilmektedir. Ayrıca Türkiye Cumhuriyeti uyruklu öğrenciler Türkiye'de Kredi ve Yurtlar Kurumu tarafından üniversite öğrencilerine sağlanan burs ve kredilerden de yararlanabilmektedir. Ders kitapları Üniversite tarafından karşılanmaktadır. Öğrencilere ucuz ve kaliteli yemek hizmeti verilmektedir. Öğrenciler hijyene büyük önem verilen Cengiz Aytmatov Kampüsü'ndeki Şehit Eren Bülbül Sağlık Merkezi'nde çok kapsamlı sağlık hizmeti alabilmekte; 24 saat sıcak suyu ve interneti olan Öğrenci Evleri'nde, evlerindeki rahatlıkla yaşayabilmektedir. Üniversitede öğretim dili Türkiye Türkçesi ve Kırgız Türkçesi'dir. Ayrıca bazı programlarda Rusça, İngilizce ve Çince öğretim de yapılmaktadır.
Öğrenciler öğretim süresi 4 yıl olan fakültelerden lisans diploması, 2 yıllık meslek yüksekokulundan önlisans diploması alarak mezun olurlar. Öğretim süresi 5 yıl olan Veteriner Fakültesi ise mezunlarına 'veteriner hekim' unvanı ve 'yüksek lisans' diploması verir.