2011-жылдын 26-апрелиндеги Кыргыз-Түрк “Манас” университетинин мындан аркы ишмердүүлүгү жөнүндө келишимдин 7-беренесине ылайык университеттин окуу, башкаруу жана финансылык ишмердүүлүгү, ошондой эле Камкорчулар кеңешинин каржылык чыгымдары жана башка иш-чаралары текшерүү комиссиясы тарабынан көзөмөлдөнөт. Текшерүү комиссиясы кыргыз жана түрк тараптан 4 адамдан түзүлүп, жалпы 8 адамдан турат. Текшерүү комиссиясынын кыргыз тараптан мүчөлөрү Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнүн токтому менен дайындалат. Текшерүү комиссиясынын төрагасы комиссиянын мүчөлөрүнүн ичинен тараптардын өз ара макулдашуусу боюнча ар бир тараптан кезек менен 2 жылдык мөөнөткө дайындалат. Текшерүү комиссиясынын мүчөлөрүнүн ыйгарым укуктарынын мөөнөтү 5 (беш) жылды түзөт.
Текшерүү комиссиясынын төрагасы,
Түркия Республикасынын Жогорку билим берүү комитетинин аткаруу кеңешинин мүчөсү
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Каржы министринин орун басары
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Түркия Республикасынын Жогорку билим берүү комитетинин мүчөсү
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
КРнын Улуттук илимдер академиясынын мүчө-корреспонденти
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Түркия Республикасынын Жогорку билим берүү комитетинин төрагасынын орун басары/ аткаруу кеңешинин мүчөсү
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Ж.Баласагын атындагы Кыргыз улуттук университетинин ректору
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Түркия Республикасынын Каржы министрлигине караштуу Стратегиялык пландоо башкармалыгынын башчысы
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлигине караштуу Бюджеттик саясат, финансылык талдоо жана инвестициялар башкармалыгынын башкы адиси