Кыргыз-Түрк “Манас” университети 1996-жылдын 6-августундагы № 22719 расмий гезитинде жарыяланган № 96/8350 Эл аралык келишимге ылайык түзүлгөн өзгөчө статуска ээ жогорку окуу жай болуп саналат. Университетке жалпы жетекчиликти биргелешкен уюм-биргелешкен башкаруу принцибинин негизинде тараптардын өкмөттөрү тарабынан дайындалган сегиз адамдан турган Камкорчулар кеңеши ишке ашырат. Кеңештин төрагасы жана үч мүчөсү Түркия Республикасынын Өкмөтү тарабынан биргелешкен жарлык менен дайындалат, ал эми калган төрт мүчөсү Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлигинин сунушу боюнча Кыргыз Республикасынын Өкмөтү тарабынан тиешелүү процедураларга ылайык дайындалат.
Камкорчулар кеңешинин төрагасы,
Түркия Республикасынын Президентинин Администрациясынын Коммуникациялар башкармалыгынын башчысы
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,
Кыргыз Республикасынын билим берүү жана илим министринин орун басары
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,
Түркия Республикасынын Президентинин Администрациясынын Стратегия жана бюджет башкармалыгынын башчысы
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,
Кыргыз Республикасынын Тышкы иштер министринин орун басары
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,
Түркия Республикасынын Жогорку билим берүү мамлекеттик комитетинин төрагасынын орун басары
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,
Кыргыз Республикасынын Президентинин Администрациясынын тышкы саясат бөлүмүнүн башчысынын орун басары
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,
Түркия Республикасынын Жогорку билим берүү комитетинин аткаруу кеңешинин мүчөсү
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,
Кыргыз Республикасынын Президентинин Администрациясынын тармактык саясат бөлүмүнүн башчысынын орун басары