Кыргыз-Түрк “Манас” университети 1996-жылдын 6-августундагы № 22719 расмий гезитинде жарыяланган № 96/8350 Эл аралык келишимге ылайык түзүлгөн өзгөчө статуска ээ жогорку окуу жай болуп саналат. Университетке жалпы жетекчиликти биргелешкен уюм-биргелешкен башкаруу принцибинин негизинде тараптардын өкмөттөрү тарабынан дайындалган сегиз адамдан турган Камкорчулар кеңеши ишке ашырат. Кеңештин төрагасы жана үч мүчөсү Түркия Республикасынын Өкмөтү тарабынан биргелешкен жарлык менен дайындалат, ал эми калган төрт мүчөсү Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлигинин сунушу боюнча Кыргыз Республикасынын Өкмөтү тарабынан тиешелүү процедураларга ылайык дайындалат.
Проф., док. Фахреттин Алтун
Төрага,Түркия Республикасынын Президентинин Администрациясынын Коммуникациялар башкармалыгынын башчысы
Расул Абазбек уулу
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,Кыргыз Республикасынын билим берүү жана илим министринин орун басары
Ибрахим Шенел
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,Түркия Республикасынын Президентинин Администрациясынын Стратегия жана бюджет башкармалыгынын башчысы
Молдогазиев Айбек Бейшеевич
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,Кыргыз Республикасынын Тышкы иштер министринин орун басары
Проф., док. Халим Халдун Гокташ
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,Түркия Республикасынын Жогорку билим берүү мамлекеттик комитетинин төрагасынын орун басары
Аширбеков Талгат Аширбекович
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,Кыргыз Республикасынын Президентинин Администрациясынын тышкы саясат бөлүмүнүн башчысынын орун басары
Шаршеев Азамат Нуралиевич
Камкорчулар кеңешинин мүчөсү,Кыргыз Республикасынын Президентинин Администрациясынын тармактык саясат бөлүмүнүн башчысынын орун басары