Кыргызско-Турецкий университет "Манас" является высшим учебным заведением с особым статусом, созданным в соответствии с Международным соглашением № 96/8350, опубликованным в Официальном вестнике № 22719 от 6 августа 1996 года. Общее управление университетом осуществляется Попечительским советом, состоящим из восьми членов, назначаемых правительствами сторон, на основе принципа совместной деятельности и совместного управления. Председатель и три члена Совета назначаются Правительством Турецкой Республики совместным указом, а остальные четыре члена Совета назначаются Правительством Кыргызской Республики в соответствии с действующими процедурами по предложению Министерства образования и науки Кыргызской Республики.
Проф., док. Фахреттин Алтун
председатель Попечительского совета,глава управления по связям Администрации Президента Турецкой Республики
Расул Абазбек уулу
член Попечительского совета,заместитель министра образования и науки Кыргызской Республики
Ибрахим Шенел
член Попечительского совета,глава управления стратегии и бюджета Администрации Президента Турецкой Республики
Молдогазиев Айбек Бейшеевич
член Попечительского совета,заместитель министра иностранных дел Кыргызской Республики
Проф., док. Халим Халдун Гокташ,
член Попечительского совета,
заместитель председателя Совета по высшему образованию Турецкой Республики/Член исполнительного совета
Аширбеков Талгат Аширбекович
член Попечительского совета,заместитель заведующего отделом внешней политики Администрации Президента КР
Шаршеев Азамат Нуралиевич
член Попечительского совета,Заместитель начальника управления отраслевой политики Администрации Президента Кыргызской Республики