В соответствии со статьей 5 Договора о дальнейшей деятельности Кыргызско-Турецкого университета «Манас» от 26 апреля 2011 года высшим органом управления университета является Попечительский совет, состоящий из 8 человек (по 4 чел. с каждой стороны). С кыргызской стороны членами Попечительского совета являются: Премьер-министр Кыргызской Республики, Вице-премьер-министр Кыргызской Республики по социальным вопросам, Министр образования и науки Кыргызской Республики и Мэр г. Бишкек (Постановление ПКР от 28 декабря 2005 года № 622 «Об утверждении состава Попечительского совета Кыргызско-Турецкого университета имени Maнaca» и Постановление ПКР от 29 сентября 2011 года № 607 «О внесении изменений в постановление Правительства Кыргызской Республики «Об утверждении состава Попечительского совета Кыргызско-Турецкого университета имени Манаса» от 28 декабря 2005 года № 622»). Срок полномочий членов Попечительского совета 5 (пять) лет. 

Проф., док. Фахреттин Алтун,
 

 

 

Расул Абазбек уулу
 

Ибрахим Шенел
 

 

Молдогазиев Айбек Бейшеевич
 

 

Проф., док. Жевахир Узкурт,
 

 

Айдарбеков Айбек Акматбекович
 

 

Проф., док. Седат Мурат,
 

 

 

Ажымалиев Тимурлан Максатбекович