Кыргызско-Турецкий университет "Манас" является высшим учебным заведением с особым статусом, созданным в соответствии с Международным соглашением № 96/8350, опубликованным в Официальном вестнике № 22719 от 6 августа 1996 года. Общее управление университетом осуществляется Попечительским советом, состоящим из восьми членов, назначаемых правительствами сторон, на основе принципа совместной деятельности и совместного управления. Председатель и три члена Совета назначаются Правительством Турецкой Республики совместным указом, а остальные четыре члена Совета назначаются Правительством Кыргызской Республики в соответствии с действующими процедурами по предложению Министерства образования и науки Кыргызской Республики.
глава управления по связям Администрации Президента Турецкой Республики
заместитель министра образования и науки Кыргызской Республики
глава управления стратегии и бюджета Администрации Президента Турецкой Республики
заместитель министра иностранных дел Кыргызской Республики
член Попечительского совета,
заместитель председателя Совета по высшему образованию Турецкой Республики/Член исполнительного совета
заместитель заведующего отделом внешней политики Администрации Президента КР
Заместитель начальника управления отраслевой политики Администрации Президента Кыргызской Республики