Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi 6 Ağustos 1996 tarih ve 22719 sayılı T.C. Resmi Gazete'de yayımlanan 96/8350 sayılı Milletlerarası Anlaşma uyarınca kurulmuş özel statüye sahip bir yüksek öğretim kurumudur. Üniversitenin genel yönetimi, ortak işletme-ortak idare prensibinden hareketle, taraf hükümetlerce atanan sekiz kişiden müteşekkil bir Mütevelli Heyet tarafından yürütülmektedir. Heyet Başkanı ve üç üye Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti tarafından müşterek kararname ile atanmakta, Heyet'in diğer dört üyesi ise Kırgız Eğitim ve Bilim Bakanlığı'nın teklifi üzerine Kırgız Cumhuriyeti Hükümeti tarafından cari usullere göre tayin edilmektedir.
Prof. Dr. İbrahim ÇAPAK
Mütevelli Heyet Başkanı,
Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanlığı İletişim Başkanı
Rasul ABAZBEK UULU
Mütevelli Heyet Üyesi,
Kırgız Cumhuriyeti Eğitim ve Bilim Bakan Yardımcısı
İbrahim ŞENEL
Mütevelli Heyet Üyesi,
Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanlığı Strateji ve Bütçe Başkanı
Aybek MOLDOGAZİYEV
Mütevelli Heyet Üyesi,
Kırgız Cumhuriyeti Dışişleri Bakan Yardımcısı
Prof. Dr. Halim Haldun GÖKTAŞ
Mütevelli Heyet Üyesi,
YÖK Başkan Vekili / Yürütme Kurulu Üyesi
Talgat AŞİRBEKOV
Mütevelli Heyet Üyesi,
Kırgız Cumhuriyeti Cumhurbaşkanlığı İdaresi Dış Politika Dairesi Başkan Yardımcısı
Prof. Dr. Kemal ŞENOCAK
Mütevelli Heyet Üyesi,
T.C. Yükseköğretim Yürütme Kurulu Üyesi
Azamat ŞARŞEEV
Mütevelli Heyet Üyesi,
Kırgız Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı İdaresi Ağ Politikası Dairesi Başkan Yardımcısı