Üniversite, 30 Eylül 1995 tarihinde İzmir'de imzalanan “ Türkiye Cumhuriyeti ile  Kırgızistan Cumhuriyeti hükümeti arasında Kırgızistan'ın başkenti Bişkek şehrinde Kırgızistan-Türkiye Manas Üniversitesi kurulmasına dair anlaşma ” nın her iki ülke yetkili makamlarınca onaylanmasına müteakip 1997-1998 öğretim yılında öğretime başlamıştır.

Üniversiteye 3 ana kaynaktan öğrenci kabul edilmektedir. Bu kaynaklar, Kırgızistan, Türkiye ve Türk Cumhuriyetleri ile Akraba Topluluklar başta olmak üzere diğer ülkelerdir.

Kırgızistan'dan öğrenci kabulü, Üniversitenin her yıl yapmakta olduğu  Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Sınavı (Manas-ÖSYS) ve  Kırgızistan Genel Devlet Sınavı (ORT) sonuçlarına göre yapılmaktadır. Türkiye'den öğrenci kabulü,  T.C. Öğrenci Seçme ve Yerleştirme Merkezi (ÖSYM) tarından gerçekleştirilen merkezi sınav sonuçlarına göre yapılmaktadır. Kırgızistan ve Türkiye dışından Türk Cumhuriyetleri ve Akraba Topluluklardan öğrenci kabulü, Rektörlük tarafından kurulan Türk Cumhuriyetleri ve Akraba Topluluklardan Öğrenci Kabul Komisyonu koordinatörlüğünde yapılmaktadır.

2021-2022 Eğitim-Öğretim döneminde Güz Yarıyılı itibariyle 11 Fakülte , 1 Yüksekokul , 1 Meslek Yüksekokulu 'nda 4059 lisans ve 458 önlisans,  2 Enstitüde ise 268 Yüksek Lisans ve 89 Doktora öğrencisi öğrenimini sürdürmektedir.

Üniversite, Türkiye ve Kırgızistan'daki devlet üniversiteleri ile aynı statüde özerk bir üniversitedir. Üniversitede eğitim-öğretim ücretsiz olup öğrencilere “ Giriş Kontenjanı Bursu ”, “ Akademik Başarı Bursu ”, “ Destek Bursu ” ve “ Milli Sporcu Bursu ” verilmektedir. Ayrıca Türkiye Cumhuriyeti uyruklu öğrenciler Türkiye'de Kredi ve Yurtlar Kurumu tarafından üniversite öğrencilerine sağlanan burs ve kredilerden yararlanabilmektedir. Ders kitapları da Üniversitemizce karşılanmaktadır. Öğrencilere ucuz ve  kaliteli yemek hizmeti verilmektedir. Öğrencilerin kampus içerisinde sağlıklı ve modern Öğrenci Evleri 'nde barınma imkanı mevcuttur. Eğitim-Öğretim Dili,  Türkiye Türkçesi ve Kırgızca 'dır. Ayrıca bazı programlarda Rusça , İngilizce ve  Çince eğitim-öğretim yapılmaktadır.

Eğitim süresi 4 yıl olan fakülte ve yüksekokullardan öğrenciler lisans diplomaları, 2 yıllık meslek yüksekokullarından önlisans diploması alarak mezun olurlar. Eğitim-Öğretim süresi 5 yıl olan  Veteriner Fakültesi ise, “Veteriner Hekim” unvanı ve “Yüksek Lisans” diplomasıyla mezun verir.