В соответствии со статьей 9 Устава Кыргызско-Турецкого университета «Манас» Ученый совет является академическим органом университета и принимает решения по учебной и научной деятельности университета. Подробный перечень обязанностей Ученого совета излагается в статье 10 Устава университета.

В 2023/2024 учебном году состав Ученого совета университета следующий:

PhD. проф. Жейлан Алпаслан

Ректор

к.э.н. Каламбекова Бактыгуль

Первый проректор

PhD. доц. Карымшаков Камалбек

Проректор

PhD. проф. Турк Мехмет Сезаи

Проректор

PhD. проф. Ашык Алпаслан

И.о. Декана Гуманитарного факультета

д.б.н. проф. Курманбекова Гулбубу

И. о. Декана факультета Естественных наук

PhD. проф. Акенгин Чагатай

И. о. Декана факультета Искусств

PhD. проф. Бурмаоглу Серхат

И. о. Декана факультета Экономики и Управления

PhD. проф. Айык Хасан

И. о. Декана факультета Теологии

PhD. проф. Турк Мехмет Сезаи

И. о. Декана факультета Коммуникации

к.б.н. доц. Тотубаева Нурзат

И. о. Декана Инженерного факультета

к.п.н. проф. Джанузаков Канат

И. о. Декана факультета Спортивной науки

PhD. проф. Бойлу Йасин

И. о. Декана факультета Туризма

PhD. проф. Шен Исмаил

И. о. Декана Ветеринарного факультета

PhD. проф. Айгун Ахмет

И. о. Декана Сельскохозяйственного факультета

PhD. проф. Алтынташ Исмет

Директор института Естественных наук

PhD. проф. Ардыч Кадир

Директор института Гуманитарных наук

PhD. проф. Доган Режаи

И. о. Директора высшей школы Иностранных языков

PhD. и.о. доц. Вурал Махмут

И. о. Директора Профессионально-технической школы

д.ф.н. проф. Сагынбаева Бурул

PhD. проф. Челик Эржан

PhD. проф. Гулбейаз Куршад

PhD. и. о. доц. Нажимудинова Сейил 

PhD. проф. Татлы Бекир

PhD. доц. Акман Эрдоган

к.т.н. проф. Боркоев Бакыт

PhD. проф. Туркчапар Унал

PhD. доц. Шимшек Гунтекин

PhD. проф. Шахин Митат

PhD. проф. Эрпер Исмаил

PhD. проф. Озгул Октай

Генеральный секретарь-Ученый секретарь

Представитель студентов